Situado en el Centro Urbano del Municipio Banes, localidad con gran potencial arqueológico. El edificio de estilo racionalista fue construido en el año 1953 y sus funciones iniciales fueron como sucursal del Banes Continental Cubano, Banco Canadá. A raíz del triunfo revolucionario y del propio proceso de nacionalización es destinado este valioso inmueble para el montaje de dicha institución cultural, al valorarse desde sus inicios la gran importancia de la colección arqueológica, donados por el coleccionista Orencio Miguel Alonso, siendo inaugurado como museo el 28 de noviembre de 1965.

Museo especializado en la cultura aborigen. La colección está formada por objetos correspondientes a las dos etapas de la presencia aborigen en nuestro territorio, pertenecientes a los grupos que practicaban una economía de apropiación (siboneyes, recolectores, pescadores y cazadores). También a los que practicaban una economía productiva (subtainos y tainos), denominados agricultores ceramistas y piezas originales del proceso de contacto y transculturación indo-hispánico, procedentes de los más importantes sitios arqueológicos de Banes. La colección actual del museo suma un total de 22634 objetos, donde la materia prima utilizada con mayor representatividad fueron las piedras, conchas y huesos de animales.

Entre  los exponentes más importantes se encuentra una vasija efigie de forma cuadrada, elaborada en barro, única de su tipo encontrada en Cuba.  El ídolo de oro (de 4,5ml x 3cm  x 1,5 profundidad) encontrado en la finca Santana Sarmiento, Yaguajay, es otra valiosa y curiosa pieza. Importantes  muestras  y  colecciones  de asas y diseños aborígenes se aprecian en sus salas.