El Museo de Historia Natural fue fundado el 30 de diciembre de 1966 gracias a la labor del naturalista gibareño Joaquín Fernández de la Vara Pi quien nació el 11 de enero de 1893. En su juventud viajó a los Estados Unidos y allí aprendió el arte de la taxidermia, a su regreso a Gibara dedicó el resto de su vida a trabajar en la creación de un museo para su pueblo. Cuando el gobierno revolucionario le dio la posibilidad de abrir el museo, donó la mitad de su casa y toda su colección, y trabajó como director del mismo hasta su muerte en 1981. En honor a su memoria y valiosa obra creadora el Museo de Historia Natural lleva su nombre.

La institución fue originalmente fundada en la casa de Joaquín; al cabo del tiempo por el incremento de las colecciones, el local se hizo pequeño y fue necesario trasladarlo. Actualmente se encuentra en un edificio construido en época de la colonia como una sociedad de Instrucción y Recreo  a iniciativa  de un grupo de españoles, secundados por varios cubanos que en esa época gozaban en lo económico y social de influencia en el mundo de los negocios  quienes simpatizaban con el personal español. Fue inaugurado el 16 de enero de 1885 y construido por Don Francisco Rodríguez quien lo alquila como sede del Casino Español de Gibara.

Es un edificio de estilo neoclásico, orden toscano, conserva sus vitrales en arco de medio punto, su vidriería es considerada una de la más bella de la provincia. Posee un patio que en la época de la colonia estaba enriquecido con áreas verdes ymaceteros que recibió el nombre de María Luisa en honor de la esposa de Don Francisco. En el patio interior posee una fuente llena de piedras y caracoles, tiene como remate un águila que responde a la leyenda de la fundación de México. Cuentan que los sacerdotes dijeron “Cuando encuentren un águila sobre una roca, devorando una serpiente, allí fundarán la ciudad.

Al  triunfar la revolución el edificio pasa  a ser sede del Círculo Social “25 de Julio”. El 7 de octubre de 1997 el edificio se convierte en sede de nuestra institución. 

El museo cuenta con seis salas de exposición, donde se muestra al público las colecciones de ornitología, mamíferos, reptiles, botánica (la cual incluye una parte de naturaleza de material conservado y un mini jardín botánico en el patio), malacología, paleontología, geología y una sala marina.

El montaje de las exposiciones se caracteriza por su belleza  y didactismo,  pues utiliza dioramas que recrean el medio natural donde habitan los animales,esto ligado a la elegancia del edificio, otorga al museo un atractivo especial.

Algunas de las piezas más interesantes por su rareza son el Gallo- Gallina (hacía de gallo y otra de gallina, ponía huevos pero se  los comía, no llegó a procrear.)Científicamente se le conoce como un caso de ginandromorfismo, las aves records aquellos reportes de especies que constituyen el primer registro oficialmente para el país como el Zarapico Rojo, el Estercorario y el Turpial de Altamira entre otras especies que se muestran en la sala de ornitología ylas aves albinas que es una anomalía congénita de la disminución o ausencia total de la materia colorante de la piel, ojos, el pelo o las plumas como el totí, la guacaica, judío y el achuelo.

En los mamíferos sobresale el esqueleto de ballena de Joroba o Jubarta capturada en nuestra villa el 7 de enero de 1978, frente a la playa Los Bajos, cuando cayó en las redes para la pesca de carey; la misma tenía un largo total de 10, 70 metro, un peso aproximado de 15 a 18 toneladas, de edad de 10 a 12 años y era del sexo femenino. 

En los moluscos, se pueden observar las conchas de polímitas, endémicas de nuestra región oriental y en la sala marina el gran fondo marino con varias especies de peces como el Peristedion Imberbe que habita a gran profundidad. Existe un solo género y dos especies en nuestras aguas. Además, podemos encontrar especies las 36 especies de crustáceos que habitan en la Villa Blanca , celenterados y esponjas.

La misión principal de la institución es preservar, enriquecer e investigar el patrimonio que atesora el museo y realizar la educación ambiental de la población con el fin de elevar su nivel cultural y de crear una conciencia conservacionista hacia la naturaleza.